Criada pela Lei nº. 717 de 28 de abril de 1956. A região das Itoupavas já era conhecida antes da chegada dos colonizadores alemães. A palavra Itoupava tem origem no tupi-guarani, que significa corredeiras; e a palavra seca se refere ao afloramento das pedras em época de estiagem.
Com a colonização da região pelo Dr. Blumenau, o atual bairro Itoupava Seca ficou conhecido por Altona, que vem do dialeto hamburguês ‘All-zu-nah”, bairro perto de Hamburgo, na Alemanha. Posteriormente a região de Altona passou a se denominar de Itoupava Seca.
Em Altona foram fundadas, em 1866, duas pequenas fundições, por Luís Altenburg e Gotthilf Grall. No ano de 1876 surgiu a fundição de K. Ernest Auerbach, que fabricava pequenas máquinas; em 1923 se une a oficina elétrica do Engenheiro Paul Werner e 10 anos após é denominada de Eletro Aço Altona.
Em 1885 foi instalada também a primeira funilaria na Itoupava Seca. A primeira cervejaria da colônia foi instalada em Altona e pertencia a Henrich Hosang, imigrado em 1858. Hermann Baumgarten criou a primeira tipografia em 1880, que no ano seguinte, passou a imprimir o primeiro jornal da colônia, o Blumenauer Zeitung.
O bairro Itoupava Seca, em 1914, foi o primeiro a ter linha de ônibus até o bairro Centro. A Cia Lorenz, fundada em 1916, por Hans e Fritz Lorenz, fabricava fécula, sendo a primeira no gênero na América Latina. A Coronel Feddersen tinha, em Altona, uma casa comercial de importação e exportação, trabalhava também com charutaria, lacticínios e serraria. Próximo havia um local de atracamento do barco a vapor.
No ano de 1922 foi fundada a Fábrica de Acolchoados Altenburg, na rua São Paulo, onde hoje se encontra a administração e loja. Recentemente, foi construída uma moderna fábrica no bairro Passo Manso. A principal rua do bairro Itoupava Seca é a São Paulo, que foi aberta por volta de 1860, recebendo a denominação oficial em 16 de abril de 1916. Porém, o calçamento ficou concluído em 1960.
A rua São Paulo servia como principal via de escoamento do Alto Vale para o Litoral, por estar localizada bem próxima à Estação da Estrada de Ferro de Santa Catarina e um pátio para oficina dos trens. A área de Estação e Pátio de Oficina de Trens, atualmente, pertence à Furb, que instalou o Campus II. O Beco Passig passou a ser denominado de rua Itaiópolis em 18 de agosto de 1942.
A ponte ligando a Itoupava Seca à Itoupava Norte foi inaugurada, em 1953, pelo Governador Irineu Bornhausen, e recebe sua denominação. A partir dessa data foi desativada a balsa que fazia a passagem de carroças e dos poucos veículos automotores que circulavam pelo município.